Governo de MT e Ongs estão solicitando que o Pantanal seja incluso na proposta de Macrozoneamento Ecológico e Econômico da Amazônia Legal, coordenado pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA). A sociedade deve votar se concorda ou não, já que a consulta é e ocorre em todos os estados que compõem o bioma.

O objetivo é promover a transição entre o padrão econômico atual adotado nas regiões de floresta para um modelo sustentável, capaz de contemplar as diferentes realidades e prioridades de territórios da Amazônia.

Para tanto, foram definidas 10 unidades territoriais - grandes áreas divididas por características semelhantes, que não necessariamente obedecem os limites das unidades da federação. Mato Grosso é um dos estados que mais tem unidades, num total de cinco.

A região do Pantanal do Alto Guaporé mantém ligações históricas com a Amazônia, apesar de pertencer a uma bacia hidrográfica diferente.