A primeira reunião do Conselho Gestor do Geopark Bodoquena-Pantanal está prevista para acontecer no dia 1º de março. O conselho foi criado juntamente com o decreto de criação do Geopark, assinado no dia 22 de dezembro de 2009, pelo governador André Puccinelli.

O conselho é responsável por diagnosticar, promover e divulgar ações necessárias para o desenvolvimento sustentável da região. E é formado, entre outros órgãos, por representantes do Governo do Iphan e prefeituras dos 13 municípios envolvidos no projeto.